Index

A

ambertools.cpptraj_average (module) ambertools.cpptraj_bfactor (module) ambertools.cpptraj_convert (module) ambertools.cpptraj_dry (module) ambertools.cpptraj_image (module) ambertools.cpptraj_input (module)

ambertools.cpptraj_mask (module) ambertools.cpptraj_rgyr (module) ambertools.cpptraj_rms (module) ambertools.cpptraj_rmsf (module) ambertools.cpptraj_slice (module) ambertools.cpptraj_snapshot (module) ambertools.cpptraj_strip (module)

C

check_data_params() (ambertools.cpptraj_average.CpptrajAverage method) (ambertools.cpptraj_bfactor.CpptrajBfactor method) (ambertools.cpptraj_convert.CpptrajConvert method) (ambertools.cpptraj_dry.CpptrajDry method) (ambertools.cpptraj_image.CpptrajImage method) (ambertools.cpptraj_mask.CpptrajMask method) (ambertools.cpptraj_rgyr.CpptrajRgyr method) (ambertools.cpptraj_rms.CpptrajRms method) (ambertools.cpptraj_rmsf.CpptrajRmsf method) (ambertools.cpptraj_slice.CpptrajSlice method) (ambertools.cpptraj_snapshot.CpptrajSnapshot method) (ambertools.cpptraj_strip.CpptrajStrip method) (gromacs.gmx_cluster.GMXCluster method) (gromacs.gmx_energy.GMXEnergy method) (gromacs.gmx_image.GMXImage method) (gromacs.gmx_rgyr.GMXRgyr method) (gromacs.gmx_rms.GMXRms method) (gromacs.gmx_trjconv_str.GMXTrjConvStr method) (gromacs.gmx_trjconv_str_ens.GMXTrjConvStrEns method) (gromacs.gmx_trjconv_trj.GMXTrjConvTrj method) cpptraj_average() (in module ambertools.cpptraj_average) cpptraj_bfactor() (in module ambertools.cpptraj_bfactor) cpptraj_convert() (in module ambertools.cpptraj_convert) cpptraj_dry() (in module ambertools.cpptraj_dry) cpptraj_image() (in module ambertools.cpptraj_image) cpptraj_input() (in module ambertools.cpptraj_input) cpptraj_mask() (in module ambertools.cpptraj_mask) cpptraj_rgyr() (in module ambertools.cpptraj_rgyr) cpptraj_rms() (in module ambertools.cpptraj_rms) cpptraj_rmsf() (in module ambertools.cpptraj_rmsf)

cpptraj_slice() (in module ambertools.cpptraj_slice) cpptraj_snapshot() (in module ambertools.cpptraj_snapshot) cpptraj_strip() (in module ambertools.cpptraj_strip) CpptrajAverage (class in ambertools.cpptraj_average) CpptrajBfactor (class in ambertools.cpptraj_bfactor) CpptrajConvert (class in ambertools.cpptraj_convert) CpptrajDry (class in ambertools.cpptraj_dry) CpptrajImage (class in ambertools.cpptraj_image) CpptrajInput (class in ambertools.cpptraj_input) CpptrajMask (class in ambertools.cpptraj_mask) CpptrajRgyr (class in ambertools.cpptraj_rgyr) CpptrajRms (class in ambertools.cpptraj_rms) CpptrajRmsf (class in ambertools.cpptraj_rmsf) CpptrajSlice (class in ambertools.cpptraj_slice) CpptrajSnapshot (class in ambertools.cpptraj_snapshot) CpptrajStrip (class in ambertools.cpptraj_strip) create_instrucions_file() (ambertools.cpptraj_input.CpptrajInput method) create_instructions_file() (ambertools.cpptraj_average.CpptrajAverage method) (ambertools.cpptraj_bfactor.CpptrajBfactor method) (ambertools.cpptraj_convert.CpptrajConvert method) (ambertools.cpptraj_dry.CpptrajDry method) (ambertools.cpptraj_image.CpptrajImage method) (ambertools.cpptraj_mask.CpptrajMask method) (ambertools.cpptraj_rgyr.CpptrajRgyr method) (ambertools.cpptraj_rms.CpptrajRms method) (ambertools.cpptraj_rmsf.CpptrajRmsf method) (ambertools.cpptraj_slice.CpptrajSlice method) (ambertools.cpptraj_snapshot.CpptrajSnapshot method) (ambertools.cpptraj_strip.CpptrajStrip method) (gromacs.gmx_energy.GMXEnergy method)

G

gmx_cluster() (in module gromacs.gmx_cluster) gmx_energy() (in module gromacs.gmx_energy) gmx_image() (in module gromacs.gmx_image) gmx_rgyr() (in module gromacs.gmx_rgyr) gmx_rms() (in module gromacs.gmx_rms) gmx_trjconv_str() (in module gromacs.gmx_trjconv_str) gmx_trjconv_str_ens() (in module gromacs.gmx_trjconv_str_ens) gmx_trjconv_trj() (in module gromacs.gmx_trjconv_trj) GMXCluster (class in gromacs.gmx_cluster) GMXEnergy (class in gromacs.gmx_energy) GMXImage (class in gromacs.gmx_image) GMXRgyr (class in gromacs.gmx_rgyr)

GMXRms (class in gromacs.gmx_rms) GMXTrjConvStr (class in gromacs.gmx_trjconv_str) GMXTrjConvStrEns (class in gromacs.gmx_trjconv_str_ens) GMXTrjConvTrj (class in gromacs.gmx_trjconv_trj) gromacs.gmx_cluster (module) gromacs.gmx_energy (module) gromacs.gmx_image (module) gromacs.gmx_rgyr (module) gromacs.gmx_rms (module) gromacs.gmx_trjconv_str (module) gromacs.gmx_trjconv_str_ens (module) gromacs.gmx_trjconv_trj (module)

L

launch() (ambertools.cpptraj_average.CpptrajAverage method) (ambertools.cpptraj_bfactor.CpptrajBfactor method) (ambertools.cpptraj_convert.CpptrajConvert method) (ambertools.cpptraj_dry.CpptrajDry method) (ambertools.cpptraj_image.CpptrajImage method) (ambertools.cpptraj_input.CpptrajInput method) (ambertools.cpptraj_mask.CpptrajMask method) (ambertools.cpptraj_rgyr.CpptrajRgyr method) (ambertools.cpptraj_rms.CpptrajRms method) (ambertools.cpptraj_rmsf.CpptrajRmsf method) (ambertools.cpptraj_slice.CpptrajSlice method) (ambertools.cpptraj_snapshot.CpptrajSnapshot method) (ambertools.cpptraj_strip.CpptrajStrip method) (gromacs.gmx_cluster.GMXCluster method) (gromacs.gmx_energy.GMXEnergy method) (gromacs.gmx_image.GMXImage method) (gromacs.gmx_rgyr.GMXRgyr method) (gromacs.gmx_rms.GMXRms method) (gromacs.gmx_trjconv_str.GMXTrjConvStr method) (gromacs.gmx_trjconv_str_ens.GMXTrjConvStrEns method) (gromacs.gmx_trjconv_trj.GMXTrjConvTrj method)

M

main() (in module ambertools.cpptraj_average) (in module ambertools.cpptraj_bfactor) (in module ambertools.cpptraj_convert) (in module ambertools.cpptraj_dry) (in module ambertools.cpptraj_image) (in module ambertools.cpptraj_input) (in module ambertools.cpptraj_mask) (in module ambertools.cpptraj_rgyr) (in module ambertools.cpptraj_rms) (in module ambertools.cpptraj_rmsf) (in module ambertools.cpptraj_slice) (in module ambertools.cpptraj_snapshot) (in module ambertools.cpptraj_strip) (in module gromacs.gmx_cluster) (in module gromacs.gmx_energy) (in module gromacs.gmx_image) (in module gromacs.gmx_rgyr) (in module gromacs.gmx_rms) (in module gromacs.gmx_trjconv_str) (in module gromacs.gmx_trjconv_str_ens) (in module gromacs.gmx_trjconv_trj)