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• ambertools.cpptraj_image
• ambertools.cpptraj_input
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• ambertools.cpptraj_rgyr
• ambertools.cpptraj_rms
• ambertools.cpptraj_rmsf
• ambertools.cpptraj_slice
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• gromacs.gmx_cluster
• gromacs.gmx_energy
• gromacs.gmx_image
• gromacs.gmx_rgyr
• gromacs.gmx_rms
• gromacs.gmx_trjconv_str
• gromacs.gmx_trjconv_str_ens
• gromacs.gmx_trjconv_trj